三个月后，星际联邦第七区的跃迁星门前，林深的怀表在宇宙辐射中发出微弱的蜂鸣。表盖上的经纬度坐标已自动转换为星图代码，显示着他们即将前往的目的地——传说中失落的文明“艾克托星”。顾南舟将能量匕首插入星门卡槽，刀刃瞬间被量子流包裹，在虚空中勾勒出复杂的星际航行路线。
“准备好了吗？”艾丽的全息投影从星门核心浮现，她的数字分身已经接入联邦数据库，“根据亚历克斯留下的星图，艾克托星可能藏着时空议会的终极秘密。”她的投影突然被一阵数据流风暴扭曲，“等等，星门的能量波动和张伟消失时的时空褶皱极为相似。”
林深将怀表贴近星门表面，表内的“星辰之泪”碎片开始吸收星门能量，在虚空中投射出三维星图。顾南舟的匕首突然脱离掌控，悬浮在星图中央，刀刃上的符文与星门密码产生共振。当匕首完全融入星门的瞬间，一道直径百米的蓝色光柱冲天而起，将三人吸入其中。
在量子跃迁的混沌中，林深看到了无数个平行宇宙的自己：有的成为星际海盗，有的是星际联邦首席科学家，甚至有一个版本的他正戴着“暗影联盟”的面具。当他的意识回归本体时，发现自己置身于一座悬浮在星际空间的水晶城市。
“欢迎来到艾克托星，时间的守护者。”一个空灵的声音在虚空中响起。林深转身，看到亚历克斯正站在一座悬浮的水晶塔上，他的身体完全透明，与水晶塔的能量核心融为一体，“我是时空议会的最后一任议长，而你们，将成为新的议会成员。”
顾南舟握紧了手中的能量匕首：“你早就知道这一切会发生，对吗？”亚历克斯微笑道：“我只是在正确的时间出现在正确的地点。”他的手指向水晶塔顶端，“看，这就是我们守护的东西。”
水晶塔的顶端，悬浮着一个直径五米的金色球体，表面流动着银色的时间之河。林深认出，这正是他们之前遇到的“星辰之泪”的完全体。艾丽的全息投影突然分裂成七个独立个体，每个都在快速计算着什么：“这个球体包含了所有平行宇宙的时间线，任何微小的改变都会引发连锁反应。”
就在这时，水晶城市突然剧烈震动，无数道激光束从星际空间射来。林深看到，攻击来自一支由机械飞船组成的舰队，每艘飞船的舰首都刻着“暗影联盟”的标志。“他们怎么会追到这里？”顾南舟怒道，将匕首化作能量盾抵挡住激光束。
亚历克斯的身体开始变得模糊：“这是必然的结果。”他的声音逐渐消散，“你们必须启动‘星辰之泪’的终极防御模式。林深，用你的手术刀；顾南舟，用你的匕首；艾丽，用你的数据流。”
三人按照亚历克斯的指示，将各自的武器插入水晶塔的三个能量节点。瞬间，金色球体爆发出耀眼的光芒，无数时间线在虚空中显现。林深看到，每个时间线中都有一个“暗影联盟”在试图夺取“星辰之泪”。
“我们需要同时关闭所有时间线的入口。”艾丽的七个数据流同时说道，“这需要我们进入各自的时间线，摧毁他们的时空锚点。”她的投影显示出三个不同的时间线：2025年的地球、1945年的实验室、2099年的能源站。
林深选择了2025年的时间线，回到了他们关闭封印的那一天。他看到另一个自己正准备插入最后一把钥匙，而“暗影联盟”的成员正在发动最后的攻击。林深甩出手术刀，切断了敌人的能量供应，帮助另一个自己成功关闭封印。
顾南舟进入了1945年的实验室，看到奥本海默正在与“暗影联盟”首领对峙。顾南舟甩出绳索套住首领的脖子，将他拖离了水晶。奥本海默趁机关闭了实验，阻止了核武器与神秘力量的融合。
艾丽则进入了2099年的能源站，看到镜像体正准备启动反物质炸弹。艾丽的数据流缠绕住镜像体的手腕，阻止她按下按钮。在两人的争夺中，艾丽成功夺取了炸弹的控制权，并将其安全关闭。
当三人回到艾克托星时，发现“暗影联盟”的舰队已经被击退。金色球体的光芒变得柔和，无数时间线重新归于平静。亚历克斯的身影再次浮现：“你们成功了，时间线已经稳定。”
然而，就在这时，金色球体突然剧烈震动，一个熟悉的身影从中浮现——是“暗影联盟”的首领。他的身体已经完全数据化，眼中闪烁着量子计算机的幽蓝光芒。“你们以为赢了？”他冷笑道，“我早已将意识上传到所有时间线！”
林深握紧了手中的手术刀：“那我们就把所有时间线的你都消灭！”他与顾南舟、艾丽同时发动攻击，将首领的意识体分割成无数碎片。在能量的冲击下，首领的意识体逐渐消散，最终彻底消失。
“结束了。”林深长出一口气，将手术刀收回怀中。顾南舟收起能量匕首，脸上露出疲惫的笑容。艾丽的全息投影重新聚合，眼中闪烁着欣慰的光芒。
亚历克斯微笑道：“不，真正的冒险才刚刚开始。”他指向星际空间，“星际联邦需要你们这样的守护者。”
林深打开怀表，将“星辰之泪”碎片放入其中。怀表突然发出柔和的光芒，在虚空中投射出一个星际联邦的徽章。“我们准备好了。”林深说道，“告诉我们该怎么做。”
亚历克斯点头：“你们的第一个任务，就是前往半人马座阿尔法星，调查那里的时空异常。”他的身影逐渐消散，“记住，时间的守护者，宇宙的命运掌握在你们手中。”
三个月后，林深、顾南舟和艾丽站在星际联邦的旗舰甲板上，望着浩瀚的宇宙。他们知道，新的挑战正在等待着他们，但他们已经做好了准备。